Temat zorganizowania w Poznaniu placówki upamiętniającej intelektualny wyczyn trzech absolwentów Uniwersytetu Poznańskiego: Mariana Rejewskiego, Henryka Zygalskiego i Jerzego Różyckiego podjął jako pierwszy w 2010 roku na antenie Radia Merkury jego ówczesny dziennikarz Szymon Mazur. Wskazał na fakt, że właśnie w Poznaniu studiowali oni matematykę i kryptologię pod okiem prof. Zdzisława Krygowskiego, a potem to w poznańskiej filii Biura Szyfrów Wojska Polskiego przy ówczesnych Wałach Kościuszki rozpoczęli pierwsze prace nad nowymi niemieckimi szyframi maszyny Enigma.
W styczniu 2011 roku Szymon Mazur zainteresował propozycją radnych poznańskich i wojewódzkich, a także władze miasta i regionu. W latach 2012 i 2013 zgłosił ją do Poznańskiego Budżetu Obywatelskiego. Zrealizował również dwukrotnie projekt „Żywa Enigma na Paradzie Świętomarcińskiej” – marsz harcerzy z 100. Poznańskiej Drużyny Harcerskiej, przebranych za klawisze maszyny szyfrującej.
Pierwszym znakiem pamięci o polskich kryptologach w przestrzeni miasta był pomnik w kształcie graniastosłupa foremnego, którego ściany wypełniają ciągi cyfr i liter. Wśród nich autorzy pomnika, Grażyna Bielska-Kozakiewicz i Mariusz Kozakiewicz, umieścili nazwiska poznańskich kryptologów. Pomnik powstał z inicjatywy Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk i został odsłonięty 10 listopada 2007 roku na placyku w bezpośrednim sąsiedztwie budynku Collegium Martineum (wówczas Historicum). Przed wojną w miejscu Collegium stał budynek Intendentury Wojskowej, w którym pracowali Rejewski, Zygalski i Różycki. Pomnik został sfinansowany ze zbiórki społecznej oraz środków samorządu wojewódzkiego. Jeszcze w 2007 roku ukazała się obszerna monografia dr. Marka Grajka, zatytułowana Enigma. Bliżej prawdy.
O zasługach wywodzących się z Uniwersytetu Poznańskiego kryptologów przypomniała też wystawa „Enigma. Odszyfrować zwycięstwo”, zorganizowana i sfinansowana w 2010 roku przez Urząd Marszałkowski Województwa Wielkopolskiego, która objechała Polskę, wiele krajów Europy, Kanadę i USA.
W 85. rocznicę złamania szyfrów Enigmy, w 2017 roku, doszło do podpisania deklaracji o współpracy samorządów i instytucji związanych z tematem Enigmy. Oprócz województwa wielkopolskiego i miasta Poznania wolę kontynuowania współpracy zmierzającej do propagowania wiedzy o wielkich polskich kryptologach, ich nauczycielach i współpracownikach wyraziły władze Bydgoszczy, Cieszyna, Pobiedzisk, Sosnowca, powiatu szamotulskiego, miasta i gminy Szamotuły, powiatu wyszkowskiego, gminy Wyszków oraz Samodzielnego Koła Terenowego nr 5 Społecznego Towarzystwa Oświatowego.
25 stycznia 2018 roku UAM pośmiertnie uhonorował wybitnych kryptologów medalami „Alumno Bene Merenti”, wręczonymi potomkom i członkom rodzin.
Pierwszym widomym tego znakiem był Szyfrokontener – mobilna ekspozycja w formie przypominającej z zewnątrz skrzynię mieszczącą maszynę szyfrującą Enigma, która stanęła na Świętym Marcinie, nieopodal pomnika kryptologów, we wrześniu 2016 roku. Przez trzy lata Szyfrokontener, kierowany przez grupę sympatyków tematu skupioną wokół Szymona Dąbrowskiego i Tomasza Orłowskiego, promował ideę budowy Centrum Szyfrów Enigma. Odwiedziło go w tym czasie ponad 100 tysięcy gości polskich i zagranicznych.
W 2018 roku władze Poznania zdecydowały, że Centrum Szyfrów Enigma po oddaniu do użytku stanie się jedną z marek Centrum Turystyki Kulturowej Trakt (dziś Poznańskiego Centrum Dziedzictwa). 15 lutego 2018 roku miasto Poznań, UAM oraz CTK Trakt zawarły trójstronną umowę użyczenia pierwszego piętra budynku przy ulicy Święty Marcin. Kolejnym krokiem było partnerskie porozumienie, zawarte 4 czerwca 2019 roku przez władze Poznania z UAM. W porozumieniu określono, że w gmachu Collegium Martineum powstanie nowa placówka historyczno-edukacyjna poświęcona historii złamania szyfrów Enigmy, a także historii szyfrów, matematyki i informatyki.
Równolegle trwały przygotowania do poprowadzenia inwestycji. W marcu 2017 roku przetarg na wykonawcę projektu koncepcji ideowej i funkcjonalnej przyszłego Centrum Szyfrów Enigma wygrała renomowana krakowska firma New Amsterdam. Urzędnicy z Biura Koordynacji Projektów i Rewitalizacji Miasta pod kierownictwem dyrektora Grzegorza Kamińskiego przygotowali wniosek do Unii Europejskiej o dofinansowanie projektu planowanej placówki.
13 listopada 2017 roku wiceprezydent Poznania Mariusz Wiśniewski oraz marszałek województwa Marek Woźniak podpisali umowę o dofinansowaniu projektu „Muzeum Enigmy w Poznaniu” z funduszy unijnych w ramach Wielkopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2014-2020. Projekt został wpisany w ramy Działania 4.4: Zachowanie, ochrona, promowanie i rozwój dziedzictwa naturalnego i kulturowego. Postanowiono, że zostanie zrealizowany we współpracy z UAM oraz środowiskami społecznymi popularyzującymi historię polskiej myśli naukowej i technicznej. Ostateczna wartość wniosku wyniosła niemal 30 mln zł, z czego 10,3 mln zł pochodziło z funduszy Unii Europejskiej, a niemal 20 mln zł stanowiło wkład finansowy miasta Poznania.
Prace budowlane i ekspozycyjne w Centrum Szyfrów Enigma wykonało konsorcjum firm w składzie ATREM S.A., Firma Budowlana Eugeniusz Dota oraz New Amsterdam Sp. z o. o. Umowę na łączną kwotę 29,2 mln zł podpisano 20 listopada 2019 roku. Prace remontowo-adaptacyjne we wnętrzach Collegium Martineum ruszyły w 2020 roku. Ukończono je w lipcu 2021 roku.
Pierwszą wersję narracji wystawy opracowali Szymon Dąbrowski i Tomasz Orłowski. Do koncepcji scenariusza ekspozycji rozwinął ją dr Marek Grajek, kryptolog, animator licznych przedsięwzięć popularyzatorskich i autor publikacji na temat Enigmy.
Równolegle w gronie pracowników Poznańskiego Centrum Dziedzictwa od 2018 roku trwały prace nad strategią marketingową nowej marki Centrum Szyfrów Enigma. Zespół PCD brał czynny udział w zakresie prac związanych z przygotowaniem scenariusza zwiedzania, aranżacją przestrzeni, a także w konsultacjach technicznych i budowlanych. Opracował także od podstaw zagadnienia związane z przyszłym funkcjonowaniem Centrum Szyfrów Enigma: jego ideę, plany związane z animacją ekspozycji i działaniami edukacyjnymi, koncepcję mediateki, przygotował i wdrożył strategię promocji i komunikacji.
Zespół powołany przez dyrektor PCD dr Monikę Herkt działał pod kierownictwem Bartosza Małolepszego, zastępcy dyrektora PCD. Do zespołu w marcu 2021 roku dołączył kierownik CSE, Piotr Bojarski.
Nadzór nad prawidłową realizacją projektu Centrum Szyfrów Enigma sprawowali:
Urząd Miasta Poznania: Biuro Koordynacji Projektów i Rewitalizacji Miasta
Urząd Miasta Poznania: Miejski Konserwator Zabytków
Poznańskie Centrum Dziedzictwa
Inżynier Kontraktu: Safege
Inżynier Kontraktu: Sweco Consulting
Wykonawcą Centrum Szyfrów Enigma było konsorcjum firm:
Atrem
Firma Budowlana Dota
New Amsterdam
MOVITECH
